Transcriptomica
A transcriptômica é o estudo da expressão gênica em nível de RNA, ou seja, a quantificação e caracterização dos transcritos produzidos a partir do DNA em um determinado momento. A análise transcriptômica permite uma compreensão mais completa dos mecanismos moleculares que regulam o desenvolvimento e a função dos organismos, bem como a identificação de novos alvos terapêuticos para doenças humanas.
Com a evolução das tecnologias de sequenciamento de RNA, tornou-se possível analisar a expressão gênica em larga escala e em uma variedade de condições biológicas. A transcriptômica é uma ferramenta poderosa para a identificação de biomarcadores e a descoberta de novos alvos terapêuticos. Além disso, a análise transcriptômica pode ser usada em diversas áreas da biologia, desde a pesquisa básica até a medicina personalizada.
Textos
2. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
6. Análise de RNA-Seq com genoma de referência
7. Quantificação de reads de dados de RNA-Seq
8. Anotação em montagens de novo de transcriptoma (Pannzer2, HMMER e Swiss-Prot)
9. Limpeza de reads (Trimagem)
10. Expressão diferencial com Sleuth
11. Diferenças entre TPM, FPKM e RPFM
12. Enriquecimento GO (topGO): principalmente para montagens de novo
13. Enriquecimento com teste hipergeométrico (Hypergeometric test)
14. Ajuste de valores p (p-values) (no R)
16. Enriquecimento GO - definição e ferramentas
17. Enriquecimento de vias KEGG com clusterProfiler
18. Enriquecimento de vias do Reactome